Liite 2: Tekninen ympäristö ja Bookdown-paketti
Analysoin aineistoa r-paketilla ca, vaihtoehdoista voi mainita ranskalaisten kehittämän FactoMineR - paketin ja muitakin löytyy. Korrespondenssianalyysin voi tehdä myös monella muulla ohjelmistolla (esim. Survo, SAS ja SPSS). Greenacre ei ole tyytyväinen SPSS:n toteutukseen: “In SPSS’s CA program in the Categories module, an alternative biplot is given that has not been illustrated in this book, called the”symmetrical normalization“, which may be confused with the symmetric map described in this book. It is not exactly the same thing, however,since it uses standard coordinates scaled by the square roots of the singular values (i.e. fourth roots of the principal inertias) instead of the singular values themselves. Curiously, the symmetric map, one of the most popular display options of French researchers, has never been available in SPSS (module Categories), and it is still not possible in IBM SPSS version 20 to obtain a joint map of the rows and columns in principal coordinates”(CAiP, s. 296). En ole tarkastanut onko pitääkö kritiikki yhä paikkansa.
Bookdown
Bookdown-paketti laajentaa R-ohjelmiston julkaisuominaisuuksia (Xie 2016). Sen avulla voi tuottaa monipuolisesti julkaisuja samalla lähdekoodilla eri formaatteihin.
Html-formaatti sopii mainiosti data-analyysiin, taulukoita ja kuvia ei tarvitse asetella paperikoon mukaan sivuille. PDF-formaatilla on omat etunsa, koko dokumentti on yksi tiedosto. Olen käyttänyt bookdown-pakettia vailla suurempia ongelmia. Jos ongelmia tulee, niiden syiden selvittämien ei ole helppoa. Kuva 8.2 näyttää bookdown-paketin julkaisuprosessin vaiheet. PDF on ongelmallinen, tässä projektissa pdf-tulostus lakkasi toimimasta kaksi kertaa. Tutkielman pdf-versio on tulostettu selaimella bookdown-paketin tulostustvaihtoehdolla “html_book”.
Ongelmat ovat varmasti ratkaistavissa, ja bookdown-paketti tai sen muokatut versiot ovat laajassa käytössä monissa yliopistoissa. Kyse on vain LateX-osaamattomuudesta tai ymmärtämättömyydestä.
Kuva 8.2: Tulostiedoston prosessointi
Git ja Github
Käytin Github-palvelun versionhallintaa ja www-palvelua raporttien julkaisemiseen.
Tutkielman luonnos (https://hirjus.github.io/capaper/) ja lähdekoodi (https://github.com/hirjus/capaper) löytyvät sieltä. Data on pakattuna tiedostona.
Käyttöjärjestelmä ja R-ympäristö
RStudio-sovelluksen ja käyttämäni TeX-versiot ovat
RStudio Version 1.3.1093, latex engine xelatex
XeTeX, Version 3.14159265-2.6-0.999992 (TeX Live 2020/W32TeX)
Bookdown-asetuksissa käytin latex-muunnokseen aluksi pdflatex-valintaa ja vaihdoin sen myöhemmin xelatex-vaihtoehtoon. Ero ei ole merkittävä.
TeX-jakeluna käytin bookdown-paketin kehittäjän suosittelemaa TinyTeX - versiota (https://yihui.org/tinytex/) ja r-pakettia tinytex. Niiden etu on tarvittavien LaTex-pakettien automaattinen asentaminen.
R-ympäristön tarkemmat tiedot:
## R version 3.6.3 (2020-02-29)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 19041)
##
## Matrix products: default
##
## locale:
## [1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252
## [2] LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252
## [3] LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252
## [4] LC_NUMERIC=C
## [5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] assertthat_0.2.1 tinytex_0.27 bookdown_0.21 printr_0.1
## [5] reshape2_1.4.4 scales_1.1.1 furniture_1.9.7 rmarkdown_2.5
## [9] lubridate_1.7.9.2 forcats_0.5.0 stringr_1.4.0 purrr_0.3.4
## [13] readr_1.4.0 tidyr_1.1.2 tibble_3.0.4 ggplot2_3.3.2
## [17] tidyverse_1.3.0 knitr_1.30 dplyr_1.0.2 haven_2.3.1
## [21] ca_0.71.1 rgl_0.100.54
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] httr_1.4.2 jsonlite_1.7.1 modelr_0.1.8
## [4] shiny_1.5.0 highr_0.8 cellranger_1.1.0
## [7] yaml_2.2.1 pillar_1.4.6 backports_1.2.0
## [10] glue_1.4.2 digest_0.6.27 manipulateWidget_0.10.1
## [13] promises_1.1.1 rvest_0.3.6 colorspace_2.0-0
## [16] htmltools_0.5.0 httpuv_1.5.4 plyr_1.8.6
## [19] pkgconfig_2.0.3 broom_0.7.2 xtable_1.8-4
## [22] webshot_0.5.2 later_1.1.0.1 generics_0.1.0
## [25] farver_2.0.3 ellipsis_0.3.1 withr_2.3.0
## [28] cli_2.1.0 magrittr_1.5 crayon_1.3.4
## [31] readxl_1.3.1 mime_0.9 evaluate_0.14
## [34] fs_1.5.0 fansi_0.4.1 xml2_1.3.2
## [37] tools_3.6.3 hms_0.5.3 lifecycle_0.2.0
## [40] munsell_0.5.0 reprex_0.3.0 compiler_3.6.3
## [43] rlang_0.4.8 grid_3.6.3 rstudioapi_0.13
## [46] htmlwidgets_1.5.2 crosstalk_1.1.0.1 miniUI_0.1.1.1
## [49] labeling_0.4.2 gtable_0.3.0 DBI_1.1.0
## [52] R6_2.5.0 fastmap_1.0.1 stringi_1.4.6
## [55] Rcpp_1.0.5 vctrs_0.3.4 dbplyr_2.0.0
## [58] tidyselect_1.1.0 xfun_0.19